易基因送样要求
易基因送样要求(版本:2025年01月)
A.DNA类文库送样要求
1. 常规全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无显著降解,无明显的RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于1 μg,浓度正常不低于10ng/μl,推荐溶解在TE缓冲液中;
(3) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于30mg;植物组织推荐送样量不低于100mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送。
2. 精准DNA甲基化和/或羟甲基化测序(oxWGBS)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无显著降解,无明显的RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于3 μg,浓度正常不低于30ng/μl,推荐溶解在TE缓冲液中;
(3) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送。
3. 简化重亚硫酸盐测序(RRBS/dRRBS)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无明显降解和RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于1 μg,浓度正常不低于20ng/μl;
(3) DNA溶解于EB缓冲液中(10mM Tris-HCl,pH 7.5-8.5),不推荐溶解在TE缓冲液中;
(4) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送。
4. 简化氧化和重亚硫酸盐测序(oxRRBS & RRBS)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无明显降解和RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于3 μg,浓度正常不低于20ng/μl;
(3) DNA溶解于EB缓冲液中(10mM Tris-HCl,pH 7.5-8.5),不推荐溶解在TE缓冲液中;
(4) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送。
5. 液相杂交捕获重亚硫酸盐甲基化测序(LHC-BS)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无明显降解和RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于3μg,浓度正常不低于20ng/μl,DNA推荐溶解于TE缓冲液中;
(3) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送;
6. 甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无明显降解和RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于2 μg,浓度正常不低于20ng/μl,DNA推荐溶解于TE缓冲液中;
(3) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送。
7. 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序(hMeDIP)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无明显降解和RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于3μg,浓度正常不低于20ng/μl,DNA推荐溶解于TE缓冲液中;
(3) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送。
8. 扩增子甲基化(Amplicon-BS)
提取的DNA样品:
(1) 提取完整的基因组DNA,无明显降解和RNA污染;
(2) Qubit检测DNA的总量不低于100ng/amplicon,浓度正常不低于10ng/μl,DNA推荐溶解于TE缓冲液中;
(3) 已提取DNA可通过干冰或冰袋寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,快速切成小块,去除结缔组织等,PBS漂洗去除残留血液后,液氮保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg,实际用量根据PCR产物多少确定;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集约10的6次方细胞沉淀,干冰寄送。
9. 单细胞/微量细胞全基因组甲基化
(1) 分离细胞经PBS洗涤,去除培养过程或体液杂质,该杂质可直接抑制后续酶反应;
(2) 用流式细胞仪或显微操作分离单细胞与0.2ml的PCR管中底部;
(3) 细胞分离后的体积推荐1-5ul,最多不超过10ul,加等体积的公司寄送的DNA裂解液和1ul的蛋白酶K,37℃反应1小时,反应后-80℃保存;
(4) 记录每管细胞体积和加入的buffer体积和蛋白酶K体积;
(5) 记录每管细胞的数量,微量细胞推荐每个样品细胞量相同,在100-300个细胞之间;若细胞数量大于1000,细胞分离体积不超过20ul;
(6) 用 Parafilm 封口膜缠绕封口,装入 PCR管盒,橡皮筋固定,再装入自封袋,大体积干冰运输。
10. 特殊样本甲基化测序(FFPE/cfDNA等)
(1) FFPE/游离DNA等严重降解的全基因组甲基化检测推荐提供DNA总量不低于10ng,浓度正常不低于1ng/ul,DNA溶解于EB缓冲液(10mM Tris-HCl,pH 7.5-8.5) 。
B.RNA类文库送样要求
1. 普通转录组测序(RNA-seq)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总RNA Qubit检测总量不低于2μg,浓度正常≥50ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,PBS漂洗去除残留血液,快速切成小块,去除结缔组织等,推荐用RNA later液氮保存;或组织处理后液氮研磨,在1.5ml离心管中加入1ml的Trizol剧烈混匀,-80℃保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集10的6-7次方细胞沉淀,在细胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,将细胞吹散,干冰寄送。
2. 真核链特异性转录组测序(ssRNA-seq)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总RNA Qubit检测总量不低于2μg,浓度正常≥100ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,PBS漂洗去除残留血液,快速切成小块,去除结缔组织等,推荐用RNA later液氮保存;或组织处理后液氮研磨,在1.5ml离心管中加入1ml的Trizol剧烈混匀,-80℃保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集10的6-7次方细胞沉淀,在细胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,将细胞吹散,干冰寄送。
3. Small RNA测序
提取的RNA样品:
(1) 提取的总RNA Qubit检测总量不低于2μg,浓度正常≥100ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,PBS漂洗去除残留血液,快速切成小块,去除结缔组织等,推荐用RNA later液氮保存;或组织处理后液氮研磨,在1.5ml离心管中加入1ml的Trizol剧烈混匀,-80℃保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集10的6-7次方细胞沉淀,在细胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,将细胞吹散,干冰寄送。
4. ceRNA测序
提取的RNA样品:
(1) 提取的总RNA Qubit检测总量不低于2μg,浓度正常≥100ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
组织样品:
(1) 优先选择新鲜采集的样本,其次才是长期冻存组织,组织长期冻存优先推荐液氮冻存;对于植物组织尽量选取嫩幼的器官;
(2) 对于新鲜组织离体分离后,PBS漂洗去除残留血液,快速切成小块,去除结缔组织等,推荐用RNA later液氮保存;或组织处理后液氮研磨,在1.5ml离心管中加入1ml的Trizol剧烈混匀,-80℃保存;
(3) 动物组织推荐送样量不小于60mg;植物组织推荐送样量不低于150mg;
(4) 组织样品推荐通过干冰寄送。
培养细胞样品:
(1) 细胞生长至对数期,贴壁细胞胰酶消化,500g离心5min,去培养基后PBS悬浮,500g离心5min,收集10的6-7次方细胞沉淀,在细胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,将细胞吹散,干冰寄送。
5. 常规m6A RNA甲基化测序(MeRIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总RNA Qubit检测总量不低于75μg,浓度正常≥750ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于50mg;
(2) 组织离体后,用PBS或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥500mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(3) 干冰寄送。
6. 常规 m5C/m1A/m7G/ac4C RNA 修饰测序(RIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 100μg,浓度正常≥1ug/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于100mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥600mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(3) 干冰寄送。
7. 常规 m5C RNA 甲基化测序(RNA-Bis)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 50μg,浓度正常≥500ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于30mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥300mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议5X10的6次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议5X10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
8. 微量(m6A) RNA甲基化测序(MeRIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 10μg,浓度正常≥100ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于30mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥100mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
9. 微量(m7G/ac4C/m1A)RNA 甲基化测序(RIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 30μg,浓度正常≥300ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于40mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥400mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
10. 单细胞/微量细胞转录组测序(scRNA-seq)
(1) 细胞经PBS漂洗后进行分离,分离步骤如下:
(2) 细胞分离前,在0.2ml的无菌PCR管中加入2ul的RNA裂解液(实验开始前,联系公司寄送);
(3) 将细胞经流式细胞仪或显微操作转移至含裂解液的PCR管中;分离细胞体积不超过0.5ul,以0.2-0.5ul为宜;-80℃冻存;
(4) 记录每管细胞量,每管样品推荐相同细胞量;
(5) 微量细胞推荐在40-100个细胞之间;
(6) 细胞分离液不能含有培养基,体液等,其对后续有抑制作用。
C.染色质类文库送样要求
1. ATAC-seq(细胞)
(1) 取生长状态良好的细胞进行胰蛋白酶消化计数,保证细胞存活率在90%以上;
(2) 将细胞重悬在冻存液中,每个冻存管加入8-10万个细胞,标记每管细胞数量,每个样品平行准备2-3管;
(3) 加入0.5-1ml冻存液,梯度降温至-80℃保存。
(4) 运输保证足够干冰,将细胞放入中间
(5) 冻存液基本配方: 20% 胎牛血清(FBS)+70% 完全培养基+10% 二甲亚砜(DMSO) 。
2. 染色体免疫共沉淀测序(CHIP-seq)
需要抗体富集:
贴壁细胞:
(1) 用PBS缓冲液(pH7.4)新鲜配制浓度为1%的甲醛溶液,37℃水浴锅预热待用;
(2) 弃除细胞培养液,用PBS洗涤后(去除干净),加入预热的1%新鲜配制的甲醛溶液,对于转录因子或DNA结合蛋白,37℃细胞培养箱孵育10-15min固定;对于组蛋白修饰研究,37℃细胞培养箱孵育5-8min。转录因子等研究要求直接在培养皿固定,组蛋白修饰优先推荐在培养皿直接固定,可接受胰蛋白酶消化细胞悬液后固定,(10cm细胞培养板需要10ml,15cm细胞培养板需要15ml);
(3) 弃除甲醛溶液,分别用预冷的1×PBS+BSA(5mg/ml)缓冲液及预冷的1×PBS缓冲液清洗细胞各一次(10cm细胞培养板需要10ml,15cm细胞培养板需要15ml);
(4) 在细胞培养板上均匀滴上500ul冰预冷的PBS完全液(PBS+1×PIC蛋白酶抑制剂);
(5) 用刮板将细胞从培养板上刮下来,收集至EP管中;
(6) 2000rpm离心1分钟;
(7) 移除上清,轻弹管壁使收集的细胞重悬于残余的PBS中;
(8) -80℃冻存,干冰寄送,每个样本细胞量不低于107。
悬浮细胞样本处理:
(1) 用PBS缓冲液(pH7.4)新鲜配制浓度为1%的甲醛溶液,37℃预热待用,每个样品约10ml;
(2) 将不少于2X107细胞收集到离心管,500g离心5min弃除细胞培养液;用PBS洗涤,离心后(去除干净),加入5-10ml预热的1%新鲜配制的甲醛溶液轻轻重悬细胞,对于转录因子或DNA结合蛋白,37℃细胞培养箱孵育10-15min固定;对于组蛋白修饰研究,37℃细胞培养箱孵育5-10min;
(3) 弃除甲醛溶液后(可用终浓度125mM的甘氨酸中和),分别用约10ml预冷的1×PBS+BSA(5mg/ml)缓冲液及预冷的1×PBS缓冲液清洗细胞各一次;
(4) 在细胞沉淀中加入约500ul冰预冷的PBS完全液(PBS+1×PIC,蛋白酶抑制剂),转入1.5ml的离心管,2000rpm离心1分钟;
(5) 移除上清,轻弹管壁使收集的细胞重悬于残余的PBS中;
(6) -80℃冻存,干冰寄送,每个样本细胞量不低于107。
动物组织样品处理要求
(1) 尽快取下组织,去除其他附着组织如脂肪组织等;
(2) 剪开主血管,用冰冷的PBS 缓冲液(pH7.4)洗去血液;
(3) 尽量去除组织表面液体后放置到冻存管,液氮速冻后-80℃保存;
(4) 【注意事项】整个处理过程中要注意外源物种组织或者细胞污染,处理时间不要太长,最好不要超过1 小时,且在冰上操作。
(5) 样品需求量:每次ChIP 反应起始量为:人或者小鼠的组织:0.2 g 以上;(以上起始量根据小鼠组织实验结果,其他物种根据基因组大小起始量按比例调整)
(6) 样品必须使用干冰运输,时间尽量不要超过 72 小时,同时请用 Parafilm 膜将管口密封好,以防出现污染。
(7) 【注意事项】在运输过程中一定不能出现冻融现象出现,如果发现冻融现象建议重新寄样品。
(8) 请客户仔细处理样品,尽量避免污染和运输途中出现冻融,如果样品珍贵请客户自行将所送样品进行保留备份。
富集后仅建库:
(1) IP后Qubit检测富集DNA≥5ng,浓度正常不低于0.5ng/ul;
(2) DNA溶解于EB缓冲液(10mM Tris-HCl,pH
(3) 7.5-8.5);
(4) 提供IP前染色质打断后的电泳图片,DNA片段分布在100-500bp为宜。