RNA类文库取样要求 (版本:2025年01月)
A、RNA类文库取样要求
1. 常规m6A RNA甲基化测序(MeRIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总RNA Qubit检测总量不低于75μg,浓度正常≥750ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于50mg;
(2) 组织离体后,用PBS或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥500mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(3) 干冰寄送。
2. 常规 m5C/m1A/m7G/ac4C RNA 修饰测序(RIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 100μg,浓度正常≥1ug/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于100mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥600mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的7次方左右;
(3) 干冰寄送。
3. 常规 m5C RNA 甲基化测序(RNA-Bis)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 50μg,浓度正常≥500ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于30mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥300mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议5X10的6次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议5X10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
4. 微量(m6A) RNA甲基化测序(MeRIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 10μg,浓度正常≥100ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于30mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥100mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
5. 微量(m7G/ac4C/m1A)RNA 甲基化测序(RIP)
提取的RNA样品:
(1) 提取的总 RNA Qubit 检测总量不低于 30μg,浓度正常≥300ng/ul;
(2) 电泳检测具有明显的18S或28S主带,且条带清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通过干冰寄送。
动物组织样品:
(1) 优先选用新鲜采集的样本,液氮或-80℃冻存的组织,冻存期间避免反复冻融;组织量推荐不小于40mg;
(2) 组织离体后,用PBS 或生理盐水快速漂洗,去除残留血液,血管或结缔组织后,马上进行液氮萃冻,后转入冻存管液氮或-80℃保存;或将组织切成小片后,在含有RNA later的冻存管中液氮或-80℃保存;
植物组织样品:
(1) 植物组织样本建议送样量≥400mg。尽量选取新鲜、幼嫩、生长 旺盛的组织部位;
(2) 准确取得所需组织后,用清水清洗干净表面的灰尘及泥土,立即放入事先标记好的冻存管中,或者用锡箔纸包裹好做好标记;
(3) 立即投入液氮中萃冻,后进行液氮或-80℃冰箱保存;
培养细胞样品:
(1) 贴壁细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型,去除细胞培养基,PBS漂洗细胞2-3次,最后一次将PBS去除干净,(一定要去除干净,残留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器轻轻吹打,用Trizol将细胞裂解下来,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(2) 悬浮细胞,细胞生长至对数期或达到细胞表型后,收集细胞,用PBS洗涤1-2次,最后一次离心后,去除干净PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速将细胞重悬,转入1.5ml离心管后,-80℃保存;每个样本细胞数量建议10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。