微量或单细胞样本取样要求

微量或单细胞样本取样要求(版本:2023年8月)


A、微量或单细胞样本取样要求
1、微量细胞或单细胞全基因组甲基化测序(Micro-WGBS/scWGBS)

若每个样本细胞数量大于10000,收集细胞后,可通过离心(1000g,4℃离心5min),去除培养基或PBS液体,将细胞沉淀干冰寄送。也可以将细胞保存在细胞冻存液,梯度降温后,干冰寄送。

以下情况需提前联系,公司寄送WGBS甲基化细胞裂解液:
若每个样本细胞数量在1000-10000,分选细胞到1.5ml离心管后,要求体积不超过20ul(体积过大可通过1000g,4℃,5-10min离心,小心去除部分液体)。大约预估液体体积,加入等体积的细胞裂解液和0.5ul的蛋白酶K,记录每个样品加入裂解液的体积和大约细胞数目。离心管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送;

若每个样本细胞数量在100-1000,分选细胞到1.5ml离心管后,要求体积不超过8ul(体积过大可通过1000g,4℃,5-10min离心,小心去除部分液体)。大约预估液体体积,加入等体积的细胞裂解液和0.5ul的蛋白酶K,记录每个样品加入裂解液的体积和大约细胞数目。离心管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送。

若每个样本细胞数量在1-100,分选细胞到PCR管后,要求体积不超过5ul(体积过大可通过1000g,4℃,5-10min离心,小心去除部分液体)。大约预估液体体积,加入等体积的细胞裂解液和0.5ul的蛋白酶K,记录每个样品加入裂解液的体积和大约细胞数目。PCR管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送;


2、微量细胞或单细胞简化基因组甲基化测序(XRBS/scXRBS)

若每个样本细胞数量大于10000,收集细胞后,可通过离心(1000g,4℃离心5min),去除培养基或PBS液体,将细胞沉淀干冰寄送。也可以将细胞保存在细胞冻存液,梯度降温后,干冰寄送。

以下情况需提前联系,公司寄送XRBS甲基化细胞裂解液:
若每个样本细胞数量在1000-10000,分选细胞到1.5ml离心管后,要求体积不超过20ul(体积过大可通过1000g,4℃,5-10min离心,小心去除部分液体)。大约预估液体体积,加入等体积的细胞裂解液和0.5ul的蛋白酶,记录每个样品加入裂解液的体积和大约细胞数目。离心管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送;

若每个样本细胞数量在100-1000,细胞洁净度要求较高,分选的细胞中不能含培养基,体液等抑制酶反应的液体等,分选后体积不超过4ul(体积过大可通过1000g,4℃,5-10min离心,小心去除部分液体),细胞分选到PCR管中,加入4ul的细胞裂解液和0.5ul的蛋白酶,记录每个样品大约细胞数目。离心管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送;

若每个样本细胞数量在1-100,细胞洁净度要求较高,分选的细胞中不能含培养基,体液等抑制酶反应的液体等,分选后体积不超过1ul(体积过大可通过1000g,4℃,5-10min离心,小心去除部分液体),细胞分选到PCR管中,加入3ul的细胞裂解液和0.5ul的蛋白酶,记录每个样品大约细胞数目。离心管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送;

3、微量细胞或单细胞转录组测序(Smart-seq2)

注意事项:
1) RNA容易降解且成熟mRNA主要分布在细胞质中,在细胞分离前,确保环境的洁净,以及分离过程中保证细胞的完整性,以免细胞破裂等。
2) 建议超净台内操作,实验前用 RNA-zap(Ambion)擦拭实验台面及相关器材,防止RNA 酶污染。
3) RNA 酶在外界环境,人体皮肤表面、汗液等广泛存在,试验操作请佩戴一次性手套及口罩, 并用酒精,RNA-zap擦拭手套和操作空间,实验过程中不要随意接触试验无关的易污染物品。
4) 细胞培养基、体液(如血液)等杂质残留会严重影响后续酶反应,细胞分离前请先用 PBS 洗涤,去除培养基等杂质后再进行后续操作。 
5) 建议同一项目,不同样本,保持细胞的数量大致相同。


若每个样本细胞数量大于200,细胞收集到1.5ml离心管,记录每个样品管中的细胞数目,分离细胞如果液体超过20ul,可通过离心(1000g,4℃离心5-10min),小心去除培养基或PBS液体,在细胞沉淀中加入500ul的Trizol裂解液,混匀-80保存,干冰寄送。

以下情况需提前联系,公司寄送RNA细胞裂解液:
若每个样本细胞数量在50-200,细胞收集到PCR管中,细胞分离残留液体体积不超过1ul,记录每个样品管中的细胞数目,在细胞中加入10ul的RNA细胞裂解液(如果确定细胞随带的液体体积小于1ul,可先在PCR管中先加入裂解液,然后将分选的细胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送。

若每个样本细胞数量在10-50,细胞收集到PCR管中,细胞分离残留液体体积不超过0.5ul,记录每个样品管中的细胞数目,在细胞中加入8ul的RNA细胞裂解液(如果确定细胞随带的液体体积小于0.5ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后将分选的细胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送。

若每个样本细胞数量在1-10,细胞收集到PCR管中,细胞分离残留液体体积不超过0.5ul,记录每个样品管中的细胞数目,在细胞中加入5ul的RNA细胞裂解液(如果确定细胞随带的液体体积小于0.5ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后将分选的细胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送。


4、微量细胞或单细胞全基因组甲基化+转录组测序(scWGBS+Smart-seq2)

注意事项:
1) RNA容易降解且成熟mRNA主要分布在细胞质中,在细胞分离前,确保环境的洁净,以及分离过程中保证细胞的完整性,以免细胞破裂等。
2) 建议超净台内操作,实验前用 RNA-zap(Ambion)擦拭实验台面及相关器材,防止RNA 酶污染。
3) RNA 酶在外界环境,人体皮肤表面、汗液等广泛存在,试验操作请佩戴一次性手套及口罩, 并用酒精,RNA-zap擦拭手套和操作空间,实验过程中不要随意接触试验无关的易污染物品。
4) 细胞培养基、体液(如血液)等杂质残留会严重影响后续酶反应,细胞分离前请先用 PBS 洗涤,去除培养基等杂质后再进行后续操作。 
5) 同一项目,不同样本,保持细胞的数量大致相同。
以下情况需提前联系,公司寄送RNA细胞裂解液:
若每个样本细胞数量大于1000,细胞收集到PCR管中,细胞分离残留液体体积不超过2ul,记录每个样品管中的细胞数目,在细胞中加入12ul的RNA细胞裂解液(如果确定细胞随带的液体体积小于2ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后将分选的细胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送。

若每个样本细胞数量在500-1000,细胞收集到PCR管中,细胞分离残留液体体积不超过1ul(若样品为10个细胞以内,尽可能不超过1ul),记录每个样品管中的细胞数目,在细胞中加入10ul的RNA细胞裂解液(如果确定细胞随带的液体体积小于1ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后将分选的细胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送。

若每个样本细胞数量在1-500,细胞收集到PCR管中,细胞分离残留液体体积尽可能不超过0.5ul(若样品为10个细胞以内,尽可能不超过0.2ul),记录每个样品管中的细胞数目,在细胞中加入8ul的RNA细胞裂解液(如果确定细胞随带的液体体积小于0.5ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后将分选的细胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80冻存,将细胞和裂解液一起固定在管子底部,固定过后干冰寄送。

注意事项

1. 胚胎早期发育样本建议去除透明带。
2. 实验过程中使用到的吸头、PCR 管等耗材必须为 Nuclease-Free 级别且是低吸附材质。