原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析，获得对生物性状影响较大的通路信息；通过预测基因的反义转录本，丰富基因组注释内容；研究sRNA对mRNA的相互作用，从分子调控角度解释生物性状之间的差异。

 

易基因针对检测原核菌个性化设计rRNA去除探针，利用高通量技术对原核细胞所产生的所有mRNA和sRNA（非编码RNA）进行测序。系统全面解析特定细胞所产生的mRNA和sRNA对生物性状的影响。

技术优势

1. 针对原核生物设计去除rRNA专属探针，rRNA去除效果好。

2。 同时分析sRNA与mRNA的互作关系，更加全面解读表达互作网络。

研究方向

原核转录组测序是专业针对原核微生物设计开展的转录组学研究。

Ø  基因表达量分析

Ø  差异基因鉴定

Ø  非编码RNA鉴定等

实验策略

信息分析

技术参数

研究案例

嗜水气单胞菌的原核转录组研究

Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.

1.背景：

嗜水气单胞菌是鱼类运动性气单胞菌败血症的病原体。嗜水气单胞菌的发病机制是复杂的、多因素的，涉及粘附素、毒素和铁元素摄取系统等多种毒力因子。尽管不断有新的毒力因子被人们发现，但这种细菌的致病机制仍不清楚。

2.方法：

IolR是一种转录抑制因子，可以负向调节肌醇代谢活性。作者在养殖死亡的鲤鱼中分离出来嗜水气单胞菌NJ-35细菌，采用同源重组的方法构建了一株IolR基因缺失菌株，将ΔiolR突变体菌株与野生型菌株进行比较分析。对细菌在LB培养基上的生长情况进行评估，并进行转录组比较分析和qRT-PCR验证，以鉴定IolR在嗜水气单胞菌NJ-35中的功能。

3.结论：

本研究证实IolR通过下调嗜水气单胞菌RpmA的表达来抑制细胞的自聚集和生物膜形成，从而进一步减少与钙的接触机会，进而抑制凝集形成和生物膜的形成所需的细胞-细胞相互作用。这项研究对IolR在嗜水气单胞菌中的作用提供了理论基础，并为寻找治疗这种细菌感染的药物靶点提供了新的线索。

原核转录组分析表明差异表达基因大多涉及膜部分、转运、细胞代谢和信号转导等功能

 

参考文献：

Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.

 

AraC-Type Regulator Rsp Adapts Staphylococcus aureus Gene Expression to Acute Infection

AraC型转录因子Rsp使金黄色葡萄球菌基因表达适应急性感染

1、背景：

金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）是一种重要的人类病原体，可引起急性感染和慢性感染。而急性感染

的特征在于有明显的毒素产生，慢性感染则通常涉及生物膜形成。然而，金黄色葡萄球菌引起急性

和慢性感染的机制仍然不明确。

2、方法：

作者鉴定了一种调节蛋白Rsp，该调节蛋白属于AraC型转录调节因子家族的成员。当抑制主要的菌膜相关基因的

表达及菌膜形成时，Rsp可促进毒素的产生。

3、结论：

Rsp通过上调Agr及下调polysaccharide intercellularadhesin （PIA）来调节毒力影响。深入研究表明，Rsp通过结合 agrP2 

和icaADBC启动子，来促进Agr调控的PSMs 和α-toxin的表达，同时抑制PIA的产生。该研究表明Rsp调控子可作为

治疗金黄色葡萄球菌急性感染的一个潜在靶标。

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转录组学｜原核转录组测序